既然大臣敢放胆抨击万历隐私，那么皇帝身边的宦官也就不再为向外廷传递一些秘闻而感到忐忑不安。万历皇帝日常生活放纵的消息不断传出，加上皇帝不时以“头眩”为由不举行早朝，那些虎视眈眈纠偏的大臣又发起新的一轮“攻击”。万历被激怒了，上疏干涉皇帝“私生活”的礼部尚书洪乃春被拖到午门外廷杖60，然后削职为民，以致最后愤郁而死。这以后廷杖几乎成了万历对付那些对他和郑贵妃之间的关系敢于置喙的大臣们最主要的手段了。
就像黄仁宇先生指出的那样，大臣们被杖之后，立即以敢于廷争面折而声名天下，并且名垂“竹帛”。死是人人都惧怕的，但只是屁股上挨几板子就可以名垂千古，为此而冒险的也就大有人在。万历皇帝在这些前仆后继的劝谏者面前，到底还是筋疲力尽了，他头脑中自当皇帝始就存在着的那点儿幻想也随之破灭。母亲和张居正赋予了他满腹经纶、道德伦理、为君准则、三纲五常……似乎一切都已具备，但就是没有赋予他坚强的意志和自信，而这一点恰是一个人最应该具备的精神财富。正因为如此，他才失去了祖宗们那样的真正至高无上的权力和权威。表面看来，他是因为郑妃而万念俱灰走上了一条自我毁灭的不归路，而实际上他的灰心是因为他无力驾驭这个庞大的帝国机器造成的。贪财好色并把希望寄托在虚无缥缈的来世，只是他消极对抗的手段，既然这个帝国机器造就了这样一个皇帝，那么，历史也只能让他沿着这个轨道走下去了。
在慈圣皇太后的干预下，万历无可奈何地立常洛为“皇太子”。
郑贵妃听到万历要立常洛为太子的消息，虽然感到大势已去，但她还是要作最后一搏。早在几年前，万历皇帝为讨郑贵妃的欢心，曾许愿将来封朱常洵为太子。郑贵妃施展聪明，让皇帝写下手谕，珍重地装在锦匣里，放在自己宫中的梁上，作为日后凭据。现在时机已到，她必须出示这张王牌以制其敌了。可是，当郑贵妃满怀希望地打开锦匣时，不禁大吃一惊：一纸手谕让衣鱼（蠹虫）咬得残破不堪，“常洵”两字也进了衣鱼腹中！迷信的皇帝长叹一声：“此乃天意也。”终于不顾郑贵妃的泪眼，而把朱常洛封为“太子”，常洵封为“福王”，封地洛阳。
至此，前后争吵达15年，使无数大臣被斥被贬被杖打、万历皇帝身心交瘁、郑贵妃悒郁不乐、整个帝国不得安宁的“国本之争”，才算告一段落。但事情远远没有结束。
慈圣皇太后终于走到了生命的尽头，告别她为之费尽心血但仍牵肠挂肚的朱家江山和不争气的儿子，溘然长逝。就在临死之前，她又办了一件足以令群臣热血沸腾、让万历十分尴尬、让郑贵妃恨之入骨的大事。
按照明朝祖制，所封藩王必须住在自己的封国里，非奉旨不得入京。但郑贵妃的儿子朱常洵却恃父母之宠，竟在皇宫中十多年不赴封国洛阳。正当皇帝和群臣为常洵就藩一事争得难解难分之际，行将就木的“幽灵”出现了，她先是召问郑贵妃：“福王何未赴封国？”极端聪明伶俐的郑贵妃不像上次万历皇帝在母亲跟前那样慌乱和愚笨，她沉着地回答：“太后明年七十寿诞，福王留下为您祝寿。”
慈圣太后毕竟深怀城府，她冷冷地反问：“我二儿子潞王就藩卫辉，试问他可以回来祝寿否？”郑贵妃无言以对，只得答应督促福王速去封国就藩。
万历皇帝敌不住太后和大臣们的轮番攻击，在慈圣太后去世一个月后，终于让福王赴洛阳就藩去了。临行那天早晨，天空阴沉，时有零星雪粒落下，北国的冷风从塞外吹来，使人瑟瑟发抖。宫门前，郑贵妃和儿子面面相对，泪如泉涌。福王进轿启程的刹那间，已是两鬓斑白、长须飘胸的万历皇帝再也控制不住自己的感情。他抬起龙袖，想遮掩自己发烫的眼睛，但浑浊的泪水还是哗哗地流了下来。
回到宫中，万历皇帝即卧龙榻，悲痛欲绝。他感到深深的内疚，因为自己到底还是辜负了郑贵妃的一片痴情，没能把常洵立为太子。自己虽贵为天子，而终被群臣所制，让爱子离京而去。一切都在失去，权威、父子深情、荣耀……备受创伤的心中只剩一个郑贵妃了。正是出于这种心理，万历才在生命最后一刻，遗命封郑氏为皇后，死后葬于定陵玄宫。可300余年后，定陵玄宫洞开，人们发现所有的棺床上都没有郑贵妃的影子。后殿并列的三口朱红色棺椁，中间是万历皇帝，左边是孝端皇后王氏，右边是孝靖皇后王氏，也就是太子朱常洛的母亲。这一悲剧性的安排，确乎在他的意料之外。但是，既然生前就已对臣僚失去威力，那么在他死后，这种威力就更不存在。他的遗诏没能实现，因为大臣们认为大行皇帝（对刚死去皇帝的称呼）的遗诏“有悖典礼”。皇帝将死，再来册立皇后，谁来主持这个结婚仪式？
不过，这出悲剧不是太子朱常洛所为，因为他只当了29天皇帝便命赴黄泉。倒是朱常洛的儿子、16岁的朱由校在当上皇帝后，将他的祖母王贵妃追尊为孝靖太后，并从东井把棺椁迁来，和万历皇帝、孝端太后一起葬于定陵玄宫，成就了这段“好事”。
万历皇帝宠爱的郑贵妃比他多活了10年，她被认定是祸国殃民的妖孽，得不到朝中群臣的同情。这10年，她住在紫禁城一座寂寞的宫殿里，和她的爱子福王天各一方，饱尝母子分离之苦和世态炎凉。1630年，郑贵妃在凄苦郁闷中死去，带着无比的绝望与怨恨走进了银泉山下一座孤零零的坟墓。而她的儿子福王朱常洵，倒真是一个祸患。就藩洛阳后，朱常洵昏庸无道，鱼肉人民。在郑贵妃死去11年后，为李自成农民军所杀，尸体跟鹿肉掺在一起，被做成福禄酒肉，供军士填了肚子。
走进阴冷的地下玄宫，面对三口朱漆脱落的巨大棺椁，留给人们的印象仍是命运的残酷。假如中间棺椁内的万历皇帝还有知觉，大概是不会瞑目的。因为他心爱的女人，这唯一一个把他当成“人”的女人，并没有长眠在他身边。他们的恩爱生前未得到认可，死后同样无法如愿，这不能不算作万历皇帝的一出凄婉的爱情悲剧。同时，面对棺椁，也不能不为帝国欷叹息。传统观念不可逾越，一个年轻聪颖的皇帝在政治生涯中无法充分利用自己的创造力，个性也无从发挥，反而被无形的锁链牵引进阴森可怖的洞穴。一位富有诗意的哲学家说：“生命不过是一种想象，这种想象可以突破人世间的任何阻隔。”在这地宫深处，潮湿霉烂的棺木和胶结污腐的油泥给人的感觉，却是无法冲破的凝固和窒息。更为可悲和令人遗憾的是，那个曾经为万历皇帝付出过青春和爱情的郑贵妃，一直为后人所唾骂。即使史学家也未必给予这个悲剧性女人公正的评价。“女人乃亡国之祸水”，同样是对郑贵妃的结论。在“国本之争”这个主题上，尚有为数众多的历史研究者，其观点依然站在四百年前万历一朝的臣僚一边。似乎郑贵妃天生就该安分守己地做任人宰割的妃嫔，而不应有做皇后的非分之想；万历皇帝天生就该和王恭妃恩恩爱爱，不应有真正的爱情……这些有悖常情的论断大多出于一种僵化、保守、人云亦云的思想驱使，无疑有失公允，弄得是非渐已分明的历史，再度蒙上了一层难以辨认的锈迹。
这是郑贵妃的悲哀，也是后来者的不幸。