太子就是卫子夫的儿子刘据，比较宽厚，对武帝的酷吏的做法往往反其道而行之，经常平反冤狱，虽然得到百姓的口碑，但是武帝用的那些酷吏都不喜欢太子。卫后担心儿子这样做会违背武帝的意思，惹怒武帝，经常把儿子叫来劝诫：“作为太子，你要经常揣摩父亲的心思，理解父亲的意图，按照父亲的要求去做，而不能擅自作主，做一些与父亲的想法不一致的事，比如平反冤狱。这本是你父亲制造的冤狱，你却给予平反，不是否定你的父亲吗！”然而，武帝听说后，虽然不喜欢太子的“仁政”，但是认为太子的做法正确，卫后不对。这事表明，汉武帝一家三口，是母亲要管儿子，爹却护着儿子不让母亲管，何况汉武对于太子的宠爱，自他出生便从未改变。
《汉书·武五子传》：戾太子据，元狩元年立为皇太子，年七岁矣。初，上年二十九乃得太子，甚喜，为立禖，使东方朔、枚皋作禖祝。少壮，诏受《公羊春秋》，又从瑕丘江公受《谷梁》。及冠就宫，上为立博望苑。
大意就是：刘据刚刚出生，还是个小肉团，武帝就立马让人给他做《皇太子赋》，给了他太子的重诺，并当即立了卫皇后。就算不说绝后，起码也是空前了。立禖是为立禖神之庙，饲以太牢之礼以酬之。禖神是求子之神，故武帝为感谢禖神降子，特地命为禖神立祠，以太牢之礼隆重地祭祀，并命枚皋等人献上祝文，以酬答神明的灵应。所做的一切都远远超出汉朝的惯例。
《通典》卷五十五引晋博士束皙语：“汉武帝晚得太子，始为立高禖之祠。高禖者，人之先也。故立石为主，祀以太牢也。”等到刘据到了读书的年纪，再请名师为他授帝王之学；等到太子加冠后，武帝甚至为他修建别苑，让他随意招揽当时名士。
刘据在元封元年加冠，元封年间也是武帝最频繁出巡的时候，也就是当时主持政事监国的是太子，管理后宫的是卫皇后，可见武帝对他们非常信任。
卫子夫和太子的关系很好。太子每次去拜见母亲，总会多待些时间，这是很正常的事。汉武帝身旁有个宦官叫苏文，喜欢挑拨是非，在钩弋子出生之后，竟然挑拨起汉武帝、皇后与太子之间的关系。他把这事向武帝打了小报告，说：“太子一天到晚在皇后宫里，与宫里的女人们鬼混！”武帝不信这些话，反而增加太子东宫侍女二百人。太子知道这是苏文胡说，心里对其不满。
苏文还不肯善罢甘休，又与小宦官常融、王弼等，经常伺机寻找太子的过失，一旦寻到就添油加醋向武帝报告，甚至把黑的说成白的，把白的说成黑的。卫子夫对此也是非常痛恨，让太子禀报武帝杀了这些人。太子信任父亲，说：“我没有过失，不怕苏文他们！今上明察秋毫，不会听信谗言恶语，不必担忧。”武帝有次生病，派常融去召太子，常融就此大做文章，回报说：“太子得知武帝生病，根本不把皇上放在眼里，挂在心上，而是脸上有喜色。”武帝听了，心中自然不乐。
不久太子即刻来探视武帝，武帝看到太子的脸上带着泪痕，但是为了让父亲高兴，又强装笑脸，强打精神。武帝就问常融，到底是怎么回事，常融支支吾吾回答不出。武帝知道是常融从中作梗，就把常融杀了。
《资治通鉴》：文与小黄门常融、王弼等常微伺太子过，辄增加白之。皇后切齿，使太子白诛文等。太子曰：“第勿为过，何畏文等！上聪明，不信邪佞，不足忧也。”上尝小不平，使常融召太子，融言“太子有喜色”，上嘿然。及太子至，上察其貌，有涕泣处，而佯语笑，上怪之；更微问，知其情，乃诛融。
所谓巫蛊之祸，即汉武帝末年，年老多疑，适有周围一些心怀奸恶之人，乘机制造事端，挑拨他与太子、大臣之间的关系。
司马光《资治通鉴》记载：“群臣宽厚长者皆附太子，而深酷用法者皆毁之。邪臣多党与，故太子誉少而毁多。卫青薨后，臣下无复外家为据，竞欲构太子。”
太子素行宽仁，与爱好使用酷吏的武帝有分歧。同时在后宫，苏文在勾弋之子出生后，频频诬陷刘据，在武帝识破之后杀死诬告太子的小黄门之后苏文才稍有所收敛。
当时，有一些胡人巫婆作俑，诅咒武帝死亡的事被发觉。于是汉武帝在朝廷内外大加搜索，受牵连的人很多。专门主持处理此事的是素与太子不和的酷吏江充，他得到汉武帝的命令调查，便故意带着桐木人在卫皇后和太子刘据居住的地方掘地搜索，假意将早已准备好的桐木人拿出构陷太子，即把巫蛊之事加在了太子头上。
当时，汉武帝年事已高，身体不好，在甘泉宫休养，外间人怀疑他是否还在人世。江充与太子刘据有前嫌，看汉武帝身体一天不如一天，担心武帝死后刘据对其不利，所以提前下手，想除掉太子。江充对武帝说病总不好的原因是有巫蛊诅咒，武帝信以为真，令江充严查。最后于陷害太子和皇后。太子刘据起初并无惧怕，认为没有做过不怕江充诬陷，打算去向武帝解释。但车马被江充拦下。刘据惟恐不得自明，就请教他的师傅石德，石德以扶苏的例子警示他，怀疑武帝是否像秦始皇一样已经死亡被小人操纵。于是刘据决定先杀掉江充绝不做第二个扶苏。
因为太子能指挥到的车马有限，刘据在决定起兵后报母亲卫子夫，动用了皇后宫的车架，并以武帝已死奸臣作乱的名义征兵，与江充等人在长安城中展开激战，终于杀死了江充。他起兵后，一度得到民众的支持。但后来调兵不利，护北军使者任安接受了太子的符节却没有出兵，汉武帝派去了解情况的使臣不敢入京，谎报太子造反。武帝派丞相刘屈髦讨伐并亲临前线证明自己尚在人世，太子兵败后逃到湖县隐藏。后行迹被发现于是自缢而死。卫皇后因不能自明也自尽身亡。
因此，后代史学界对戾太子刘据持同情态度，认为他和卫皇后在巫蛊之祸中死亡实在冤枉。武帝晚年也深有悔意。
西汉班固在写到太子蒙冤这一节时点评：江充造蛊（诬陷太子），太子杀。太子逃亡时期，茂陵三老上疏，明确指出太子无辜，前不能见君王申辩，后被奸人逼迫，才子弄父兵，但这也不过是打一段板子就能结束的事，希望武帝能赦免太子。
唐睿宗李旦时期，太府少卿韦凑向皇帝上书，提到刘据起兵，性质是“非称兵诣阙，无逆谋于父”，可见历代的史家和当时的百姓都认为刘据起兵性质的无辜。
事后武帝查出太子受人诬陷，怒极，于是族灭江充，苏文被绑在桥上活活烧死，去追捕太子的人也被武帝灭族，深表后悔的武帝建思子宫，于太子被害的湖县造“归来望思”之台。天下闻而悲之。
巫蛊之祸中，卫子夫无疑是被冤枉的。汉武帝后来下诏提到：“朕之不德，自左丞相与贰师阴谋逆乱，巫蛊之祸流及士大夫……曩者，江充先治甘泉宫人，转至未央椒房……（《汉书·公孙刘田王杨蔡陈郑传》）”可以看出，武帝已经承认，椒房——指皇后——是无辜的。
卫子夫自杀后，葬于长安城南的桐柏亭附近。
桐柏正对着长乐未央宫，在桐柏登高可以看见长乐未央的歌舞升平。附近更有历代汉帝用来祭祀上天的神台，是风水极好之地。
汉宣帝即位后，将其曾祖母卫皇后改葬于长安城覆盎门外南北大道之东（桐柏亭所在的位置就是后来宣帝登基之后重新厚葬的长安城覆盎门外南北大道之东。宣帝后来的“改葬”只是以皇后礼仪重新安葬她并起高大墓冢置陵园，设置周卫，并没有迁葬），其陵墓称“思后园”。又“置园邑三百家，长丞周卫奉守。”追谥曰“思”。又称“孝武卫思后”。是最早的有独谥号的皇后，自她之后，历代皇后在丈夫的谥号之后也开始有了自己的独立的谥号。
太子刘据和他的两个儿子的墓冢在河南省灵宝县西50公里的豫灵镇底董村南约2公里处。位于最南面的墓东西长约150米，南北宽约50米，高约50米，占地面积10余亩，为武帝太子刘据之墓冢。他现存的墓冢封土比他的父亲武帝的茂陵还高，与太子冢西北相接处有皇孙冢两个，乃是刘据之子冢。俗称“皇孙冢”。
同样死于巫蛊之祸的卫子夫的姐夫公孙贺墓已经被发掘，在公孙贺的老家安葬，墓冢尚有封土，规格比一般民冢为高。可见陷于巫蛊之中的卫氏亲属皆有人打理后事，墓葬规格还不低。