十三子朱佑枢，出生于成化二十二年，端妃潘氏所生，被封为荣庄王。

十四子朱佑楷，出生于成化二十三年，恭妃杨氏所生，被封为申懿王。

朱见深还有六个女儿，分别为仁和公主、永康公主、德清公主、长泰公主、仙游公主、嘉祥公主。

中后期对皇子们较为重视:

- 立储及培养：朱佑极出生后，朱见深很快将其立为太子，可见对其重视，期望他能继承大统。

朱佑樘被立为太子后，朱见深也开始关注他的成长和教育，为他安排良好的学习环境和师资。

- 封王与关爱：朱见深其他儿子出生后，基本都被封为藩王，赐予他们封地、财富和相应的待遇，保障他们的生活。

如朱佑杬被封为兴王，朱佑槟被封为益王等。对于儿子们的一些请求和事务，朱见深也会给予关注和处理，如儿子们的王府建造、婚娶等事宜，他都会按照皇室规格进行安排。

对女儿们给予正常的皇室待遇

- 朱见深的女儿们虽不像皇子那样涉及皇位继承等重大问题，但也都得到了应有的皇室待遇，被封为公主，安排了合适的婚姻，赐予相应的嫁妆等，让她们能在皇室的庇佑下生活。比如仁和公主、永康公主等都依照皇室制度下嫁婚配。

清朝编撰的史书中有一种说法，说是万贵妃因妒忌逼迫其它妃子堕胎，不过在明孝宗编撰的《明宪宗实录》中，万贵妃虽常常被言官弹劾，但没有一条是与逼迫其余妃子堕胎有关的。

有学者认为这应当是清朝故意抹黑明宪宗。

宪宗前期儿子少，主要是因当时后宫妃子少，宪宗专宠万贵妃，且万贵妃生子夭折后不能再生育，并非万贵妃迫害所致。

像商辂的《商文毅疏稿》还记载万贵妃对明孝宗“躬亲抚育，保护之勤，恩爱之厚，踰于巳出”，与《明史》中万贵妃迫害孝宗的说法不同。